这部拍摄于1989年版的《变蝇人2》是1986年版《变蝇人》的续集,影片承接第一集母亲维尼卡怀上赛斯孩子的伏笔,当她产下一枚蝇蛹时被当场吓死。当局的科研机关巴托工业园收养了苍蝇之子马丁·布朗多(艾瑞克·斯托罗兹 Eric Stoltz饰),由巴托工业的老总巴托先生(约翰·盖兹 John Getz饰)抚养。巴托先生密切监视着马丁的一举一动,表面上把马丁视如己出,实则却把他当作研究对象,暗地里用摄像机记录下他所有的生活过程,让马丁研究他父亲生前的时空传送装置。马丁看上去英俊帅气,无异于常人,除了的惊人的生长速度和超人的天资才能。不久,马丁就与美丽的贝斯·洛根(达芙妮·祖尼加 Daphne Zuniga饰)坠入爱河。可隐藏在马丁体内的变异染色体突然苏醒,等待马丁的是变成下一个“苍蝇人”的恐怖噩耗。
美国亚利桑那州矿业小镇繁荣镇,一辆运送化学原料的卡车发生事故,将有毒废料倾倒进当地河流。镇上养蛛人的上千蜘蛛被污染,变得体积庞大,成批进入废弃的矿井栖息繁殖。小镇警长珊姆?帕克(卡瑞?伍尔Kari Wührer饰)的儿子迈克(史考特?泰拉 Scott Terra 饰)发现了巨大的蜘蛛腿,怀疑养蛛人遇害,但母亲珊姆却不听儿子解释。镇上矿主的儿子克里斯?麦克康莫克(大卫?阿奎特David Arquette饰)在镇议会上归来,反对镇长出售矿井的建议。克里斯对珊姆余情未了,却没勇气向佳人表明心迹。迈克将巨型蛛腿展示给克里斯看,后者依然将信将疑。与此同时,矿井里的巨大蜘蛛开始攻击镇上动物,然后是人类。通讯系统也被“八脚怪”破坏,全镇人的生命危在旦夕……
本片以分段式描述三个令人毛骨悚然的恐怖故事。
故事一:Old Chief Wood'nhead
一个印第安人还魂后为被谋杀的小士多店主复仇;
故事二:The Raft
池塘的食肉浮渣袭击小艇上的四个年轻人;
故事三:Dawn Of The Dead
富婆在和男妓风流后的返家途中意外撞死一名搭便车的男子……
某医学博士在派对上被一名透明人杀死,探员特纳(彼得?费辛利 Peter Facinelli 饰)与丽萨在勘察现场时却被告知此案由国防部接手,而他二人的任务是保护女生物学家道尔顿(劳拉?里根 Laura Regan 饰)。另一方面,透明人在杀死医学博士前,得知令自己身体好转的缓冲药剂只有道尔顿才能提供……
特纳与丽萨在保护道尔顿的当夜遭透明人袭击,利萨殉职,特纳在突然出现的军方包围中才明白道尔顿和自己都不过只是军方用来诱捕透明人的饵。愤怒的特纳带着道尔顿从军方的控制下逃跑,并要求后者说出透明人与军方千丝万缕联系之背后的真相。同时军方将特纳锁定为追捕对象,一场围绕军方、透明人和特纳三方的阴谋与追踪开始上演。